1998年11月27日廣東省第九屆人民代表大會常務委員會第六次會議通過，1998年12月22日第30號公告公布，自1999年1月1日起施行。
第一條 為保護珠江三角洲的水質，防治水污染，保障飲用水安全，實現水資源的可持續利用，促進現代化建設，根據《中華人民共和國水污染防治法》及有關法律、法規的規定，結合本地區的實際，制定本條例。
第二條 本條例適用于廣東省珠江三角洲經濟區的地表水體水質保護。珠江三角洲經濟區（以下簡稱區域）的范圍按《廣東省珠江三角洲經濟區現代化建設規劃綱要》的規定確定。
區域沿海海域水質保護不適用本條例。
第三條 區域內市（地級和地級以上市，下同）、縣（縣級市、區，下同）和鄉、鎮人民政府對轄區的水環境質量負責，實行水環境質量行政首長負責制。
第四條 區域內各級人民政府應從財政中安排專項經費用于水污染治理和水質保護。
第五條 區域內各市、縣人民政府應定期向上級人民政府和同級人民代表大會常務委員會報告水質保護的情況。
第六條 省和區域內市、縣人民政府環境保護行政主管部門對轄區內的水質保護實施統一監督管理。
水利行政主管部門、重要江河的水源保護機構根據各自職責參與水質保護規劃制訂和主要江河、湖泊、水庫的水質監測。
衛生行政主管部門負責生活飲用水水源水質的衛生監督，協同調查處理飲用水源污染事故。
各級交通行政主管部門的航政、港務監督機關根據各自職責分別對船舶污染和港區環境實施監督管理。
地質礦產行政主管部門協同環境保護行政主管部門對礦產資源開發中的水污染防治實施監督管理。
農業行政主管部門加強對農藥、化肥、除莠劑的使用管理，減少農業生產對水環境的污染。
林業行政主管部門參與水質保護規劃的制訂，加強對生態公益林的管理，防止水質污染。
公安、市政、環衛、國土、規劃、供水、經濟管理部門根據各自職責，協助環境保護行政主管部門對水質保護實施監督管理。
上述部門的水質保護工作，應接受同級環保部門的檢查和指導，對不履行法定職責的，由環境保護行政主管部門報同級人民政府處理。
第七條 省人民政府劃定區域內地表水環境質量功能區，制訂水質控制目標。
水環境質量功能區和水質目標控制方案應當包括劃定主要江河、湖泊、水庫等地表水體的水環境質量功能區和所執行的水質標準，設置跨行政區主要河流邊界斷面及其水質控制的指標，明確對河流邊界斷面水質負責的相關地區。
市、縣、鎮人民政府應根據區域內地表水環境質量功能區和水質控制目標，采取相應措施保證功能區和邊界斷面水質符合規定的目標。
第八條 區域內主要水污染物排放實施總量控制。省人民政府環境保護行政主管部門會同有關部門根據區域內地表水環境質量功能區和水質控制目標，將總量控制指標逐級分階段配到各市、縣所屬主要河段。
市、縣環境保護行政主管部門應將區域內的企業事業單位和個體工商戶排放的水污染物控制在分配的總量控制指標內。
水污染物排放量超過總量控制指標的市、縣，必須按上級環境保護行政主管部門的要求限期削減水污染物排放量。
第九條 各地新建、擴建、改建、遷建的建設項目排放的水污染物，不得突破本行政區以及排放地點或河段的排污總量控制指標。
對已超出總量控制指標的地區，環境保護行政主管部門不得批準新建、擴建、改建可能增加水污染物排放量的建設項目的環境影響報告書。確需建設的，必須先行削減本地區的污染負荷，并征得上級環境保護行政主管部門的同意。
第十條 環境保護行政主管部門在審批可能造成跨行政區域水環境污染的建設項目的環境影響報告書時，應征求相關地區環境保護行政主管部門的意見，有不同意見并協調不成的，報共同的上級環境保護行政主管部門裁定。
第十一條 向水體排放水污染物的企業事業單位和個體工商戶，應按規定向當地環境保護行政主管部門申報登記擁有的污染物排放設施、處理設施和在正常作業條件下排放污染物的種類、數量和濃度等，如實填寫《排污申報登記表》。環境保護行政主管部門對《排污申報登記表》申報的情況核實后，根據分配的總量控制指標要求，發給排污許可證，實行總量控制排放。
水污染物排放許可證管理辦法由省人民政府另行制定。
第十二條 排污單位必須在排污口安裝污水排放計量器，并保證計量器的正常使用。
第十三條 排污單位造成水體嚴重污染的，由環境保護行政主管部門按照《中華人民共和國水污染防治法》第二十四條規定報人民政府作出限期治理的決定。排污單位應按期完成治理任務，并報環境保護行政主管部門驗收。
小型污染源的限期治理，由縣級以上人民政府委托同級環境保護行政主管部門決定。
第十四條 區域內的城市（指國家按行政建制設立的市和鎮）應當建設城市污水集中處理設施。一萬人以上的鄉、村也應當根據水質保護規劃的要求，建設污水集中處理設施。城市污水處理率到2005年時不得低于百分之四十，到2010年時不得低于百分之七十。
第十五條 城市污水集中處理設施實行污水處理有償服務，收取的污水處理費必須用于城市污水集中處理設施的運行和補助建設污水處理設施。
污水集中處理的收費辦法，由省人民政府另行規定。
第十六條 排入城市污水集中處理設施進行處理的工業廢水，必須達到規定的進水水質標準。
向城市污水集中處理設施排放污水并且繳納污水處理費的單位不再繳納排污費。
第十七條 城市污水集中處理單位應保持污水處理設施的正常運轉，保證出水水質達到國家或地方規定的排放標準。
城市污水集中處理單位應對其出水水質和水量進行檢測，定期向當地環境保護行政主管部門報告，并對其產生的污泥進行無害化處理。
城市污水集中處理單位排放的污水超過排放標準時，應由同級人民政府責令其限期治理，并繳納超標排污費。
第十八條 禁止在區域內建設小型化學制漿造紙、制革、電鍍、印染、染料、煉油、農藥和其他污染嚴重的企業。
第十九條 船舶排放含油污水、生活污水，應符合船舶污染物排放標準。船舶的殘油、廢油、垃圾禁止排入水體。
第二十條 區域內的畜禽養殖場必須對糞便、廢水和其他廢棄物進行無害化處理，其廢水必須經過處理達標后才能向水體排放。
第二十一條 新建的港口、碼頭應設置回收船舶殘油、廢油、含油廢水和船舶垃圾等廢棄物的設施。
已建港口、碼頭尚未設置回收設施的，應在本規定頒布之日起二年內建成有關設施。
油碼頭和造船、修船、拆船單位應配備防止油污染事故的處理設施。
第二十二條 在生產、裝卸和運輸油類及有毒有害物品，以及利用港口碼頭、倉庫或容器貯存上述物品時，必須配備防溢、防滲、防漏、防散落等安全設施和事故應急處理設施。
第二十三條 禁止單位和個人向水體傾倒固體廢棄物。
貯存、運輸和處置固體廢棄物應當采取措施，防止污染水環境。
第二十四條 發生跨行政區水污染事故時，當地人民政府必須及時采取措施，處理污染，并通報相關地區人民政府和報告上級人民政府。
相關地區環境保護行政主管部門可以對跨界河流邊界斷面水質進行監測、檢查，發現邊界斷面水質超標時，應將邊界斷面水質超標的情況向上級環境保護行政主管部門和同級人民政府報告。邊界斷面水質超標的市、縣必須在接到報告之日起一個月內采取有效防治措施，削減污染物排放量。逾期仍不采取有效防治措施的，由其共同的上級人民政府責令其限期治理。
第二十五條 市、縣集中式供水的飲用水地表水源保護區的劃定，由省環境保護行政主管部門會同有關部門和市級人民政府提出，報省人民政府批準。
市、縣集中式供水以外的飲用水地表水源保護區的劃定，由市級人民政府提出，省環境保護行政主管部門審定后報省人民政府批準。
第二十六條 經批準的飲用水地表水源保護區應劃定明確的地域界線，樹立界碑。
第二十七條 飲用水地表水源保護區內執行下列規定：
（一）排放水污染物必須符合排污許可證規定的標準和總量；當水污染物排放總量不能保證受納水體水質目標時，應削減排放總量；
（二）禁止毀林開荒，破壞植被和非更新性砍伐水源林、護岸林，以及使用炸藥、毒品捕殺魚類等破壞水環境生態的行為；
（三）禁止向水域排放和傾倒殘油、廢油、油性混合物、垃圾、糞便、工業廢渣及其他廢棄物；
（四）禁止設置占用河面經營或向水體排放污染物的餐飲場所；
（五）禁止建設大中型畜禽飼養場。
第二十八條 飲用水地表水源二級保護區，除執行第二十七條規定外，還應執行下列規定：
（一）禁止新建、擴建向水體排放污染物的建設項目，改建項目必須削減污染物的排放量；已有的排污口排放的污染物使水體達不到規定的水質標準時，由縣級以上環境保護行政主管部門制訂污染物削減計劃，并監督排污單位執行，削減后仍達不到規定的水質目標的，由縣級以上人民政府按照規定的權限責令其限期拆除或治理；
（二）禁止發展新的城鎮，控制已建成的人口集中居住區；已建成的城鎮和居住區內的生活污水應進行處理達標后方可排放；
（三）禁止在河面圍養禽畜以及在河岸或河中沙洲設置禽畜飼養點；
（四）禁止堆置和填埋工業廢渣、城市垃圾和其他廢棄物；
（五）禁止設置裝卸油類、垃圾、糞便和有毒物品的碼頭。
第二十九條 飲用水地表水源一級保護區內，除執行第二十七條和第二十八條規定外，還應執行下列規定：
（一）禁止向水體排放污水；原已設置的排污口，由縣級以上人民政府按照規定的權限責令限期拆除；
（二）禁止新建、擴建與供水設施和保護水源無關的建設項目；原已建成的建設項目，由縣級以上人民政府制訂拆除計劃，限期拆除。
（三）禁止從事旅游、游泳和其他可能污染水體的活動。
第三十條 市、縣人民政府不能保證邊界斷面水質符合規定的控制指標或逾期未完成限期削減水污染物排放總量任務的，由上一級人民政府責令改正，逾期不改正的，給主要負責人以行政處分。
第三十一條 違反本條例第九條規定的，由本級人民政府或上級環境保護行政主管部門撤銷原批準決定，對直接責任人給以行政處分。
第三十二條 違反本條例第十三條規定、逾期未完成治理任務的，可處以一萬元以上十萬元以下的罰款。
第三十三條 違反本條例規定，有下列行為之一的，由縣級以上環境保護行政主管部門或者其他依照法律、法規行使水污染監督管理權的行政管理部門責令其改正，并根據情節輕重給以處罰：
（一）拒報或者謊報有關污染物排放申報登記事項的，可以處以三百元以上三千元以下罰款；
（二）違反第十一條規定，未申領排污許可證，但排放污染物未超過國家規定的排放標準的，應當給予警告，責令限期辦理排污許可證，可以并處三百元以上五千元以下的罰款；不按排污許可證規定的標準排放的，應當限期改正，并處以五千元以上十萬元以下罰款，情節嚴重的可以吊銷排污許可證；
（三）違反第十二條規定，不在排污口安裝污水排放計量器并保證其正常使用、不能正確反映排污單位污水排放情況的，責令其改正，并可處以三百元以上三千元以下的罰款；
（四）違反第十八條規定，造成嚴重污染的，由所在地的市、縣人民政府或者上級人民政府責令關閉；
（五）違反本條例第十九條、第二十三條第一款規定，排放、傾倒污染物、廢棄物的，處以五千元以上十萬元以下的罰款；
（六）違反本條例第二十七條第（三）項、第二十八條第（四）項的規定，除責令其消除污染后果外，處以五千元以上十萬元以下的罰款；
（七）違反本條例第二十九條第（二）項的規定，新建、擴建與供水設施和保護水源無關的建設項目或設施的，由縣級以上人民政府按照國務院規定的權限責令停業或者關閉。
第三十四條 違反本條例規定，造成重大水污染事故，構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第三十五條 當事人對行政處罰不服的，可以在收到處罰決定書之日起十五日內，向作出處罰決定機關的上一級機關申請復議；對復議決定不服的，可以在接到復議決定書之日起十五日內，向人民法院提起訴訟。當事人也可以在接到處罰決定書之日起十五日內，直接向人民法院提起訴訟。
第三十六條 區域內各人民政府可根據本條例，結合本地區的實際情況，制定實施辦法，經同級人大常委會批準后施行。
第三十七條 本條例自1999年1月1日起施行。
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